اما هنگامی‌که این طلبه عدالتخواه در مسجد امام‌حسن(ع) اقدام به تهیه این طومار و جمع‌آوری امضا از مردم (بالغ بر سه‌هزار امضا) می‌کرد، به جرم «فریب دادن مردم در رابطه با ثبت‌نام زمین» بازداشت ‌شد.
مدتی بعد دادگاهی که در کرمان در همین رابطه برای محاکمه طلبه سیرجانی تشکیل می‌شود، وی را به سه ‌ماه ‌و یک ‌روز حبس محکوم می‌کند که البته این حکم با اعتراض دانشجویان و طلّاب همراه شده و سرانجام او بعد از حدود 50 روز به دستور رهبر معظم انقلاب، از زندان آزاد و با استقبال پرشور مردم مواجه می‌شود.
حجت‌الإسلام‌‌‌جهانشاهی که پس از آزادی، تغییر محسوسی را در رابطه با محاکمه زمین‌خواران بزرگ نمی‌بیند، اعتراض‌های خود را از سر گرفته و تیرماه سال گذشته با پای پیاده به سمت تهران راه می‌افتد تا برای چندمین ‌بار صدای عدالتخواهی مردم شهرش را به گوش مسوولان برساند.
او قصد داشت به هنگام رسیدن به تهران، در مقابل یکی از نهادهای مربوط به پرونده زمین‌خواری سیرجان تحصّن کند تا به خواسته‌اش پاسخ داده شود. این حرکت مجدد طلبه سیرجانی سبب تحرک فراوانی در بین جوانان و دانشجویان عدالتخواه می‌شود که می‌توان به پخش اعلامیه از سوی برخی جوانان سیرجانی به منظور حمایت از طلبه سیرجانی اشاره کرد که بلافاصله با ممانعت نیروی انتظامی و دستگیری عده‌ای از آنان روبرو می‌شود. همچنین با نزدیک شدن حجت‌الاسلام جهانشاهی به اصفهان، ستادی از سوی دانشجویان عدالت‌خواه مسئولیت استقبال از وی را در شهر اصفهان بر عهده می‌گیرد.
در کنار این مسائل و با آغاز این حرکت و پوشش خبری بی‌سابقه رسانه‌های کشور از راه‌پیمایی طلبه سیرجانی، زمینه توجه هر چه بیشتر افکار عمومی به مسئله فساد و زمین‌خواری در شهرهای کوچک کشور فراهم می‌شود.
تلاش‌ برای جلوگیری از ادامه راهپیمایی
با گسترده شدن ابعاد این قضیه تلاش‌های فراوانی برای جلوگیری از ادامه راهپیمایی طلبه سیرجانی و منصرف کردن وی جهت حرکت به سمت تهران از سوی برخی از مقامات محلی انجام شد که همگی با واکنش منطقی حجت الاسلام جهانشاهی و تاکید بر اراده قاطع او برای مبارزه با مفاسد اقتصادی روبرو شد.


زمانی که تمام این تلاش‌ها برای جلوگیری از حرکت طلبه سرجانی با شکست روبرو می‌شود، بالاخره وی پس از طی 390 کیلومتر، در مسجد ابوالفضل سورمغ و قبل از ورود به آباده برای دومین بار و اینبار به جرم «اقدام خلاف شؤون روحانیت و تشویش اذهان عمومی» دستگیر و به شهر شیراز انتقال می‌یابد تا بدین وسیله جلوی راهپیمایی اعتراض‌آمیز وی به تهران گرفته شود.
جهانشاهی دوباره محکوم می شود
پرونده وی این بار در دادگاه ویژه روحانیت شیراز تشکیل و در جریان محاکمه، وی به 23ماه و 15 روز حبس، 30 هزار تومان جریمه نقدی و 3 سال ممنوع الورود شدن به سیرجان از سوی دادگاه ویژه روحانیت به جرم رفتارهای خلاف شان روحانیت محکوم شد.
او مدتی را در زندان شیراز بود که 55 روز از این زمان را در انفرادی به سر می‌برد. بعد از آن نیز در پی درخواست خانواده او مبنی بر انتقالش به زندان قم (به علت نزدیکی به محل زندگی) با طرح این مسأله از سوی مسوولان که زندان قم جایی برای او ندارد، به زندان اوین تهران منتقل می‌شود.
به‌ زندان‌ افتادنِ مجدّد حجت‌الاسلام جهانشاهی به جرم عدالت‌خواهی با اعتراض بسیاری از دانشجویان و طلّاب همراه بود. در بسیاری از نشریات دانشجویی به این حکم اعتراض شده و بیانیه‌های متعدّدی از سوی تشکّل‌های مختلف دانشجویی صادر شد.
بعد از گذشت هشت ‌ماه‌و 10 روز از حبس، حجت‌الاسلام جهانشاهی برای دومین باربه فرمان رهبر معظم ‌انقلاب(مدّظلّه‌العالی) و با دریافت پیام شفاهی ایشان با عنوان «شَکَرَ الله مَساعیکَ»، در حالی که حدود 15ماه از حبسش باقی مانده بود، ‌آزاد شد.
این طلبه سیرجانی پس از آزادی در قسمتی از پاسخ به پیام محبت‌آمیز آقا چنین نوشتند: آقا به خدا قسم ما فقط نگران و غصه‌خوار تنهایی و مظلومیت شماییم. ما فقط می‌خواستیم و می‌خواهیم حرف شما زمین نماند. ما از این می‌ترسیم که تاریخ تکرار شود و شما همچون اجداد پاک‌تان، بر اثر بی‌عرضگی ما یارانتان، در میان گرگان روزگار تنها و غریب بمانید.... آقا از وقتی شنیدم که شما شخصا وارد این ماجرا شده‌اید، به خدا شرمنده‌ایم، ما می‌خواستیم باری از دوش شما برداریم، نه اینکه بر زحمت شما بیفزاییم. اما خوشحالیم که این امر فرصتی شد تا مدال افتخاری از دستان مبارک شما دریافت کنیم و شاید این تنها مدال افتخاری باشد که نه از دستان شما، بلکه از لبان مبارکتان صادر شده است و آن این است که به سربازان‌تان فرموده‌اید: "شکر الله مساعیکم".
آزادی او مانند گذشته با استقبالی جمعی از دانشجویان در کنار زندان اوین و همچنین استقبال جمعی از طلبه‌ها به هنگام ورود او به قم همراه بود. وی در نامه‌ای که از زندان اوین، بند انفرادی نوشته است، به این نکته اشاره می‌کند که در راستای عدالتخواهی نزد افراد سرشناس زیادی از قبیل امام جمعه سابق سیرجان، معاون دادستان کرمان، وزیر اطلاعات سابق جناب آقای محسنی اژه‌ای، رئیس سابق سازمان بازرسی کل کشور جناب آقای نیازی، رئیس سابق بازرسی ویژه ریاست جمهوری جناب آقای حاج داود احمدی‌نژاد، نمایندگان مجلس و... رفتم اما همگی به بهانه‌های واهی از قبیل "انجام چنین کارهایی سبب تضعیف نظام می‌شود" وعده‌های پوشالی به بنده دادند و هیچ اقدام موثری در این راستا انجام ندادند.
وی در قسمت دیگری از نامه‌اش می‌نویسد:در حالیکه توقع و امید داشتیم با این اطلاع‌رسانی‌ها، برخی از زمین‌خواران بزرگ سیرجان محاکمه و مجازات شوند تا درس عبرتی باشد برای سایر مفسدان اقتصادی، متاسفانه مسئولین با برخوردی که اصلا انتظارش را نداشتیم ما را در مسیر دیگری قرار دادند. به‌جای اینکه زمین‌خواران را مجازات کنند با ما برخورد کردند، تا درس عبرتی باشد برای سایر عدالت‌خواهان. درد ما اینست که تا امروز که حدود سه سال از آغاز این ماجرا می‌گذرد هیچ مسئولی از مسئولین کشوری نیامده است ببیند حرف ما در این رابطه چیست؟ و جز دستگیری و محاکمه و زندان جوابی به ما داده نشده است.


وی در این نامه تصریح می‌کند که سیرجان و زمین‌های سیرجان و یا هر کجای دیگر برای ما اهمیت و ارزشی ندارد، بلکه آنچه در نظر ما مهم است و موضوعیت دارد "عدالتخواهی" و " مبارزه با ظلم و فساد" است که آن را بزرگترین خدمت به اسلام و انقلاب و مردم و زمینه‌سازی برای ظهور امام زمان عجل الله تعالی فرجه الشریف می‌دانیم والا هیچ کس خودش را به خاطر دنیا به این مهلکه‌ها نمی‌اندازد.
مراجعه به مجلس و شکایت به کمیسیون اصل نود
آزادی جهانشاهی، همراه با اولین جرقه‎‎های تبلیغات انتخاباتی ریاست‌جمهوری در سال 1388 بود که بعد از انتخابات تبدیل به آتشی سوزنده شد. آتش‎سوزان فتنه، تا ماه‎‎ها اجازه اقدام مجدد را به این طلبه عدالت‌خواه نمی‌داد. اما او بعد از گذشت حدود هشت ماه از انتخابات ریاست‌جمهوری و آرامش نسبی کشور، در حالی مجددا شروع به فعالیت کرد که اطمینان داشت از کارش سوءاستفاد‎ه‎ای نخواهد شد و آبی به آسیاب دشمنان نظام ریخته نخواهد شد.
اولین اقدام علیرضا جهانشاهی بعد از انتخابات، مراجعه به مجلس شورای اسلامی در روز دوشنبه مورخ 5 بهمن 1388 بود. او به همراه دوستانش، نامه‎ای را که نوشته بود به تعداد نمایندگان تکثیر کرده و به دفتر تمام نمایندگان مجلس تحویل داد. اما هفته بعد، جلسه‎ای در کمیسیون اصل نود مجلس شورای اسلامی به میزبانی حسین فدایی و محمدحسین فرهنگی برگزار شد. در این جلسه قرار شد او دو شکایت بنویسد؛ یکی علیه دادگاه ویژه روحانیت به‎خاطر نحوه برخوردشان با یک طلبه عدالت‌خواه؛ و یکی به‎خاطر زمین‌خواری‌‎های سیرجان. طلبه سیرجانی این نامه‎‎ها را نوشت و به کمیسیون اصل نود تحویل داد. اما تا امروز بعد از گذشت سه ماه و نیم از اولین جلسه با کمیسیون اصل نود، کمیسیون مذکور می‌گوید: بررسی این پرونده در صلاحیت کمیسیون اصل نود مجلس شورای اسلامی نیست.
می خواهم سرباز کوچک آقا باشم
علیرضا جهانشاهی چندی پیش همزمان با شهادت صدیقه طاهره باز در حرکتی جدید عازم ام القرای جهان اسلام شد تا صدای عدالت‌خواهی خود را بلندتر از گذشته فریاد کند، اما اینبار تنها نیست و دانشجویان و طلاب جوان نیز که ندای حق‌طلبانه او را شنیدند، وی را همراهی می‌کنند.
وی که شنبه اول خرداد به حرم مطهر امام خمینی رسید در اظهاراتی بیان کرد که آن چیزی که مرا به این وادی کشاند این بود که می‌خواهم سرباز کوچک آقا باشم که اگر خدا توفیق بدهد بتوانیم کاری بکنیم که دیگرانی که نسبت به آقا معرفت‌شان کمتر است و در داخل نظام ما هم هستند، ضربه شست ما را ببینند.
با ورود طلبه سیرجانی و همراهانش به تهران، 19 تن از اساتید و فعالان فرهنگی از اقدام وی حمایت و تاکید کردند: "وقت آن رسیده است که مسئولین محترم هیاتی را برای رسیدگی وی‍ژه به دادخواهی این روحانی مخلص و دمیدن روح امید در حرکت‌های عدالتخواهی مردمی تشکیل دهند و غیرت و حساسیت خود را نسبت به مظالم پیچیده اقتصادی-اجتماعی و همدلی با عدالتخواهان نشان دهند." همچنین 4 تن از نمایندگان عدالتخواه تهران(نادران، توکلی، زاکانی و فدایی) از اقدام وی استقبال کرده و وی را به مجلس دعوت کردند.
مسیر ابوذرها و سلمان ها و خمینی ها
در هر حال وی درمسیری است که روزی ابوذرها، سلمان‌ها، خمینی‌ها و... رفتند تا حق مظلومی را مطالبه کنند و ظالمی را درجای خودش بنشانند. اما چه می‌شود که جهانشاهی به این نتیجه می‌رسد که باید درمیان این هیاهوی تبلیغاتی دراقدامی نه صرفا نمایشی، بلکه اقدامی ارزشی و با حداقل امکانات، راهی این سفر شود تا در ام القرای جهان اسلام(تهران) بار دیگر عدالت را فریاد کشد و برغربت رهبر خود ناله کند.
گویی مجاهدت و خون دل‌های علمای سلف، هنوز بعد از گذشت سالیان دراز به نتیجه نهایی نرسیده است که این بار این طلبه جوان با همت و غیرت اسلامی و ایرانی خود قدم در راهی می‌گذارد که شاید هزاران خطر درپی داشته باشد.
اما مجاهدت او به اینجا ختم نمی‌شود. او بسان رادمردان سربدار این دیار، نه درحکومت جور، بل در زمان ولایت ولی امرش، گوش به فرمان حضرت آقا در صف مقدم جهاد می‌ایستد و در راه مبارزه با مفاسد اقتصادی راهی سفری می‌شود که شاید نتیجه‌ای به مراتب دشوارتر از گذشته برایش در بر داشته باشد. تو گویی ابوذروار درمیدانی قدم می‌گذارد تا به غربت امامش، مقتدایش و ولی امرش اقتدا کند.